В 1990г., в ходе работы Первой советско-французской экспедиции на Чукотке, которая проходила под патронажем города Ленинграда (СССР), возникла идея создания Полярной академии.

В организации экспедиции приняли участие Советский фонд культуры и Центр Арктических исследований Франции. Оснащение международной экспедиции обеспечивал Институт Арктики и Антарктики (СССР). В 1991г., на первом этапе работы создания Полярной академии, в г.Санкт-Петербурге было создано Объединение «Полярный круг», Международный учебный центр которого, впервые стал готовить национальные кадры управления для регионов Севера, Сибири и Дальнего Востока России.

За два года плодотворной работы Международный учебный центр привлек к себе внимание специалистов и общественности. Благородная направленность деятельности Центра получила поддержку Госкомсевера России, Министерства по делам национальностей и региональной политики, Министерства образования Российской Федерации, государственных учреждений и общественных организаций Франции.

С 1992г. Центр находился под патронажем Национальной Административной школы Франции, в этом же году был заключен договор о долгосрочном сотрудничестве с Высшей школой общественных наук Франции. На базе Международного учебного центра сложился высококвалифицированный коллектив российских и зарубежных преподавателей. Благодаря накопленному опыту Центра стало возможным создание в г.Санкт-Петербурге Полярной академии, уникального учебного заведения, олицетворяющего международную солидарность в обеспечении будущего народов традиционных культур.

Первыми учредителями академии стали Министерство по делам национальностей и федеративным отношениям, Государственный комитет по вопросам развития Севера, Министерство образования Российской Федерации, Правительство Республики Саха (Якутия) и Объединение «Полярный круг».

Почетным президентом Полярной академии стал Жан Малори – писатель, известный французский ученый-полярник, директор Центра Арктических исследований Франции, возглавивший Первую советско-французскую экспедицию на Чукотке и посвятивший более сорока лет своей научной деятельности народам Севера.

В 1998 году, в честь провозглашения Организацией Объединенных Наций Десятилетия коренных народов Мира, правительство России присвоило Полярной академии статус государственного высшего профессионального заведения для народов традиционных культур.

Председателем Попечительского совета Государственной полярной академии является Артур Николаевич Чилингаров, легендарная личность, знаменитый полярник, Герой Советского Союза, Герой России, крупный российский ученый, автор ряда научных работ по проблемам освоения Севера и Арктики, почетный профессор Государственной морской академии имени адмирала С. О. Макарова, академик РАН. Сегодня Артур Николаевич – Депутат Государственной Думы, первый заместитель руководителя фракции «ЕДИНАЯ РОССИЯ». За свои заслуги он награжден многими высшими наградами России. 11 декабря 2008 года Артуру Николаевичу были вручены диплом и мантия почетного профессора Государственной полярной академии.

История создания Полярной академии известна во Франции с 1992г. Активное и постоянное участие французской стороны в подготовке кадров из коренного населения Севера, Сибири, Дальнего Востока и сама личность Почетного президента Полярной академии, известного французского ученого-полярника, писателя Жана Малори, представляют особый случай в российско-французском сотрудничестве. Именно поэтому в сентябре 1997г. Президент Франции Жак Ширак встретился со студентами и преподавателями академии. В дружественной и доброжелательной беседе, отвечая на вопросы и обсуждая проблемы Севера, господин Жак Ширак отметил особую роль народов традиционных культур в современном мире и большую важность подготовки специалистов из представителей этих народов, подчеркнув особую значимость деятельности Полярной академии. Следует особо отметить, что академия имеет патронаж города Парижа, который она получила, когда Жак Ширак был мэром города. Президент Франции еще дважды посещал академию во время своих официальных визитов в Российскую Федерацию.

Государственная полярная академия активно сотрудничает с административными территориальными образованиями, с большинством из них заключены договора на подготовку кадров и научному сотрудничеству.

За 12 лет существования Государственной полярной академии в ней прошли обучение студенты различных народностей: абхазы, алеуты, алтайцы, армяне, барбары, башкиры, белорусы, буряты, вепсы, греки, даргинцы, долганы, ингуши, ительмены, казахи, дунганы, калмыки, карелы, кеты, китайцы, коми, коми-пермяки, корейцы, коряки, марийцы, манси, молдаване, мордва, нанайцы, немцы, ненцы, осетины, русские, саами, селькупы, сойоты, тазы, татары, теленгиты, телеуты, туркмены, тубалары, тувинцы, тувинцы-тоджинцы, удэгейцы, украинцы, финны, хакасы, ханты, челканы, чеченцы, чуванцы, чуваши, чукчи, шорцы, эвены (ламуты), эвенки, эскимосы, эстонцы, юкагиры, якуты.

Многонациональный коллектив студенчества академии представляют 44 субъекта Российской Федерации:
• республики – Адыгея, Алтай, Башкортостан, Бурятия, Кабардино-Балкария, Калмыкия, Карелия, Коми, Марий Эл, Саха (Якутия), Северная Осетия – Алания, Татарстан, Тыва, Удмуртия, Хакасия; 
• автономные округа - Ненецкий, Ханты-Мансийский (Югра), Чукотский, Ямало-Ненецкий;
• области - Архангельская, Брянская, Владимирская, Волгоградская, Вологодская, Воронежская, Иркутская, Кировская, Ленинградская, Магаданская, Мурманская, Новгородская, Пензенская, Псковская, Ростовская, Сахалинская, Тверская;
• края – Забайкальский, Камчатский, Краснодарский, Красноярский, Ставропольский, Пермский;
• город - Санкт-Петербург.

В Академии учатся студенты-иностранцы из Китайской Народной Республики (КНР), республик Армения, Беларусь, Казахстан, Молдова, Таджикистан, Азербайджанской, Литовской, Эстонской республик, Туркменистана.

После окончания обучения, студенты сдают государственные экзамены и защищают дипломные проекты по проблематике регионов, которые они представляют. Дипломированные выпускники получают квалификацию по направлению избранной специальности и, в соответствии с их договорами по целевой подготовке, возвращаются в свои регионы для повышения уровня профессиональных, высококвалифицированных кадров по всей территории России. С момента своего основания Государственная полярная академия выпустила 1294 студентов (7 выпусков 2003-2009 гг.). Из них, закончивших с красным дипломом – 238 студента. На данный момент прошёл седьмой выпуск специалистов ГПА, состоящий из 244-х студентов, из которых 44 студента получили диплом с отличием.

2008 год был юбилейным для Государственной полярной академии, отпраздновавшей свое 10-летие. Академия прошла комплексную проверку, в результате которой получила государственную аккредитацию по семи образовательным программам и лицензию (разд. Документы). Так же этот год был ознаменован открытием аспирантуры. 2008 год стал поворотным в истории вуза: 24 декабря на пост ректора Академии была избрана декан факультета экономики и управления, кандидат экономических наук, доцент кафедры государственного и муниципального управления – Басангова Кермен Маратовна.